Os primeiros registros históricos da localidade que hoje configura o município de Cubati remontam ao século XVIII, a essa época as terras eram praticamente despovoadas, sendo esparsamente ocupadas por tribos indígenas da grande nação Tapuia do Nordeste. A ocupação não indígena se atribui a procura de terras propícias à criação de gado e solos férteis, no apogeu do Ciclo do Couro, com sua posse estando vinculada ao sistema de sesmarias. Assim, décadas depois, estas ocupações se consolidaram através do translado de comitivas de tropeiros, gado e religiosos, notadamente aqueles que se deslocavam ao Seridó potiguar.

Em 1915 a localidade foi elevada a categoria de distrito, porém, com denominação Canoa. Tal ato fora autorizado pela Lei Estadual nº. 424, de 28 de outubro de 1915, do qual se pode deduzir que nesta data se consolidou a fundação do município, através da instituição do distrito de Canoas, ratificada por ato anterior a 2 de março de 1938, subordinado ao município de Picuí. Apenas em 1943 o distrito retomou sua denominação original, Cubati, conforme estabelecido através do Decreto Lei Estadual nº. 520, de 31 de dezembro de 1943.